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甲醛的主要危害表現為對皮膚粘膜的刺激作用,甲醛在室內達到一定濃度時，人就有不適感。大于0.08m3的甲醛濃度可引起眼紅、眼癢、咽喉不適或疼痛、聲音嘶啞、噴嚏、胸悶、氣喘、皮炎等。新裝修的房間甲醛檢測后含量較高，是眾多疾病的主要誘因。
急性毒性： 甲醛有刺激性氣味，低濃度即可嗅到，人對甲醛的嗅覺閾通常是0.06-0.07mg/m3。但有較大的個體差異性，有人可達2.66mg/m3。長期、低濃度接觸甲醛會引起頭痛、頭暈、乏力、感覺障礙、免疫力降低，并可出現瞌睡、記憶力減退或神經衰弱、精神抑郁；慢性中毒對呼吸系統的危害也是巨大的，長期接觸甲醛可引發呼吸功能障礙和肝中毒性病變，表現為肝細胞損傷、肝輻射能異常等。
致突變性：微生物致突變：鼠傷寒沙門氏菌4mg/L。哺乳動物體細胞突變：人淋巴細胞130umol/L。姊妹染色體交換：人淋巴細胞37pph。
2010來發現，甲醛能引起哺乳動物細胞核的基因突變、染色體損傷、八斷裂。甲醛與其他多環芳烴有聯合作用，如與苯并芘的聯合 作用會使毒性增強。
致癌性：研究動物發現，大 鼠暴露于每立方米15μg甲醛的環境中11個月，可致鼻癌。美囯囯家癌癥研究所2009年5月12日公布的一項***研究成果顯示，頻繁接觸甲醛的化工廠工人死于血癌、淋巴癌等癌癥的幾率比接觸甲醛機會較少的工人高很多。研究人員調查了2.5萬名生產甲醛和甲醛樹脂的化工廠工人，結果發現，工人中接觸甲醛機會最多者比機會最少者的死亡率高37%。研究人員分析，長期接觸甲醛增大了患上霍奇金淋巴瘤、多發性骨髓瘤、骨髓性白血病等特殊癌癥的幾率。
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